南部黑人居民的分裂问题也困扰历届政府。苏丹南部的居民基本上是黑人，约占全国总人口的1/3，信奉原始宗教或基督教，他们不满阿拉伯人的统治地位，要求民族自治。由于历届政府的拒绝和镇压，终于爆发了南部黑人部落的武装叛乱。苏丹政府军的多次围剿均告失败，政府军蒙受重大损失，国家为此一筹莫展。
苏丹武装部队中不满情绪也日益增加，一部分军人埋怨本不应将军人政府移交给文官，其中以少壮派军官为核心的苏丹“自由军官组织”的反应最为强烈，他们主张再次发动接管政府的军事政变。“自由军官组织”的领导人尼迈里上校是一位信奉纳赛尔的阿拉伯军人，他鼓吹惟有具有先进思想、良好组织和高度责任感的武装部队才能廉洁奉公，才能治理好国家，才能保证国家的统一和安全，拯救国家于危急之中。于是，苏丹政局又出现了一场新的是文官还是军人治理国家为宜的争论，也就是“政客”和军人争夺政权的斗争。
